Комисията при осъществяването на своите функции и правомощия  се подпомага от  специализирана и обща администрация, която е организирана в две дирекции. Главният секретар осъществява административното ръководство на администрацията.

Специализираната администрация е организирана в дирекция „Надзорна дейност”, като осъществява своята дейност в три основни направления - контрол на качеството на дейността на регистрираните одитори, международно сътрудничество и методология и вътрешен контрол.

Общата администрация подпомага технически и организационно дейността на комисията и е организирана в дирекция  „Обща администрация”.